Однако самую важную роль поручили ему византийцы, построив в середине XVI века на останках Акрополя крепость, которая должна была защищать бухту от внезапных нападений пиратов. Маленький остров с крепостью оказался в последствии серьезной проблемой и очень крепким орешком для турков. В середине-конце XVII века, когда началось вторжение Оттоманской Империи в Грецию, даже после того как весь остров Крит был под ее власть, Спиналонга еще долго, будучи под контролем византийцев, продолжал сопротивление. Только в 1715 году крепость капитулировала. Как памятник той обороны, была построена уникальная церковь, символизирующая единение итальянцев и греков - православная и католическая церкви под одной крышей.
В начале ХХ века греческое правительство нашло более мирное применение для острова. Здесь был город-лепрозорий, последний в Европе. Сюда ссылались те, кто был поражен страшной и не излечимой на то время болезнью - проказой. Однако ни один из жителей крепости не жаловался на условия жизни. Здесь все были одинаковые, людям не надо было прятаться друг от друга. Это была цельная община, в которой люди общались, праздновали праздники, женились. От подобных браков рождались здоровые дети, которых забирали с острова и отдавали на воспитание родственникам на материк. В 50-х годах было найдено лекарство от лепры, и в 1958 года колония была официально закрыта. Но многие возвращались сюда просто потому, что, несмотря на вылеченную болезнь, внешние признаки проказы оставались, и людям приспособиться к жизни в обществе было очень тяжело. В итоге греческие власти предоставили всем жителям острова отдельный квартал, в котором они могли продолжать жить общиной.
Сейчас на остров возят экскурсионные группы и можно собственными глазами увидеть условия, в которых здесь жили.
Про остров Спиналонгу Victoria Hislop написала книгу "The Island", которую читает весь Крит, и даже наши соотечественники.
